Цикл Кребса міститься в мітохондріях. Всередині мітохондріальної матриці реакції циклу Кребса додають електрони та протони до ряду електронних носіїв, які потім використовуються ланцюжком перенесення електронів для виробництва АТФ.

Ферменти, задіяні в циклі Кребса, Вимагають для виконання свого завдання участі різноманітних коферментів та субстратів:

• пантотенової кислоти (вітамін В5);
• Нікотинової кислоти (вітамін В3);
• Рибофлавіну (вітамін В2);
• Ліпоєвої кислоти;
• Тіаміну (вітамін В1);
• Цистеїну;
• Іонів металів Fe, Mg, Mn.

Складні ансамблі окисно-відновних ферментів, такі, наприклад, як цитохромна система, знаходяться в мітохондріях. У цих субклітинних частках локалізований набір ферментів циклу дикарбонових та трикарбонових кислот. Ферменти активування амінокислот розподілені в гіалоплазмі, але вони є і в ядрі.